Isabel Rubio está situado cerca de la orilla del río Cuyaguateje a una distancia de dieciséis kilómetros de la cabecera del municipio. El asiento se fundó en 1831, siendo destruido por las fuerzas cubanas en 1896 y después reconstruido en 1899. En 1846 tenía una población de 65 personas; ascendiendo a 98 habitantes en 1853. El censo de 1931 le registró 915 habitantes y el de 1943 indica 923 personas.

Antes de la Guerra de Independencia a este pueblo se le llamó Paso Real.