Al noroeste del Municipio de San Juan y Martínez el terreno es montañoso, en el litoral es bajo y cenagoso, siendo llano en el resto del territorio. Entre las lomas de mayor elevación se encuentran la de las Calabazas, el cerro de Las Cabras, la de Contadores que mide unos 200 metros, la Pelada con 250 metros, la sierra de San Francisco y otras menores; todas pertenecientes a la cadena de Guaniguanico o de los Organos. Abundante esta zona en lagunas, entre las que se encuentran Grande de Santa María, Pino, Guanaicabo y Guayabo. También muy rica es esta tierra en ríos y arroyos; el Cuyaguateje que penetra en este término por la caverna del Resolladero, el San Juan y Martínez, el Galafre, Negros, Ahoga Mulos, Martínez, Seco, San Sebastián, Pamillas, Ramones, Camarones y otros muchos.

Relieve: Elevaciones, sabanas, valles, y demás:

Loma de las Calabazas: Parte de la Sierra de los Organos que por el sureste enlaza con las Cuchillas de San Sebastián y el cerro más inmediato de Cabras.

Luis Lazo: Valle y lomas de este nombre en el barrio Segundo Luis Lazo. El valle llamado de San Carlos es muy fértil y de una belleza admirable. Las lomas son dependencias de los Organos.

San Sebastián: Cuchilla que se extiende al noroeste en este municipio.

Sumidero: Sierra de la Cordillera de los Organos. Situada al extremo norte, hacia el oeste del municipio, en su lindero con el municipio de Pinar del Río. Está atravesada por la caverna del Resolladero por donde discurre el río Cuyaguateje.

Ríos, riachuelos, arroyos y cursos de agua en general:

Cuyaguateje: El mayor río en la provincia de Pinar del Río. Tiene una longitud de unos 100 kilómetros. Caudaloso y sinuoso en extremo, describiendo en su curso un gran círculo que envuelve los términos de Pinar del Río, San Juan y Martínez y el noroeste de Guane. Nace en el cerro de las Cabras, se sumerge y vuelve a salir en el punto llamado Resolladero, pasa por el barrio de Luis Laso en San Juan y Martínez, por la cabecera de Guane, baja al pueblo de Paso Real y desagua en el golfo de Guaniguanico en la costa sur.

Galafre: Río que nace en la cuchilla de San Sebastián y corre sur por entre vegas de tabaco hasta desembocar en la bahía de su nombre.

Negros: Arroyo afluente del San Juan y Martínez.

San Juan y Martínez: Río de aguas cristalinas de la vertiente sur de Cuba. Nace en la loma de Montiel. Discurre por lo más profundo de la Ratones y otras alturas derivadas de los Organos, riega las famosas vegas de su nombre por más de 20 kilómetros, pasa por la cabecera municipal y desemboca en una bahía por él formada la cual es navegable por embarcaciones de poco calado en la Ensenada de Cortés o Golfo de Guaniguanico. En su transcurso forma una cascada de unos 10 metros de altura. Recibe aguas de los arroyos Palmillas, Negros y Papaya.

Accidentes en la costa: Puntas, puertos, embarcaderos, y otros:

Galafre: Puerto al fondo de la Ensenada de Cortés, Golfo de Guaniguanico, en la desembocadura del río por su nombre. Adquirió mucho auge desde 1840 al iniciarse la producción y el auge correspondiente en Vuelta Abajo. Cuyo progreso se le debe al ilustre agrimensor don Tranquilino Sandalio de Noda.

Garay: Surgidero en la costa, en la ensenada de Cortés (Golfo de Guaniguanico), al oeste del puerto de Galafre.

Guanos: Punta como a dos kilómetros de la punta de Cartas.

Agricultura: El Municipio de San Juan y Martínez en 1957 contaba con 1,624 fincas, siendo aprovechado un 14% de sus tierras (6,500 hectáreas) en la agricultura. San Juan y Martínez es territorio tabacalero. El valle de San Carlos es famoso por sus vegas que se extienden por unos veinte kilómetros y de donde procede un tabaco de hoja suave, igual en su color y exquisito aroma sin par en el mundo. En 1956 se lograron 10,279,000 libras de tabaco. También fértil para frutos menores que abastecen el consumo local.

Ganadería: En 1952 este municipio tenía 19,200 reces.