El territorio es montañoso en sus porciones al sur y sureste, en donde se extiende la sierra de Bamburanao, de poca elevación pero de muy amplia base, la de Matahambre y la de Jatibonico y en ellas las lomas de Centeno, Meneses y Ojo de Agua; el litoral es bajo y cenagoso y el resto llano, bien regado y fértil. También existen valles prolongados y feraces entre las sierras de Bamburanao y Matahambre, así como entre las demás alturas. Discurren por sus tierras los ríos Jatibonico del Norte (que sirve de límite por esa parte a las provincias de Las Villas, y consiguientemente a este término, y Camagüey) Yaguajay, Guabina, Aguacate, Legua, Zacarías, Canoa, muchos de los cuales no son mucho más que arroyos, y otras corrientes menores. Este término tiene también bastantes embarcaderos, como Júcaro, Carbó y Estero Real y algún que otro de carácter particular. Al norte de su costa se prolongan cayos de gran belleza natural, tanto por su flora como fauna, entre ellos los de Encenachos y Santa María.

Relieve: Elevaciones, sabanas, valles, y demás:

Bamburanao: Larga cadena de lomas del llamado grupo de Sabana, que se halla como a ocho kilómetros de la costa y corre paralela a ella, de la que se destacan notables alturas y en las cuales nacen varios arroyos. En las cercanías de Yaguajay.

Llanadas: Valle que se extiende en el barrio de Mayajigua entre las sierras de Matahambre y de Llamadas (o de Ojo de Agua).

Lomas de Centeno: Al sureste de la Sierra de Bamburanao y toman este nombre de una antigua hacienda. Las atraviesan los arroyos Marcos y Centeno, que se dirigen hacia la costa norte.

Matahambre: Sierra cuya elevación rebasa los 500 metros y se extiende en los confines al sur del municipio de Yaguajay y norte del de Cabaiguán. En su vertiente meridional se hallan los nacimientos de los ríos Jatibonico del norte y del sur. Por el este continúa con el nombre de Sierra de Jatibonico. Pertenece al grupo de Sabaneque.

Ojo de Agua: Sierra que se eslabona por el este con la de Jatibonico, siendo su parte oriental la que lleva este nombre y también el de las Llamadas. Es de poca elevación, pero escarpada. Se halla en los barrios de Mayajigua y Meneses. También existe en este mismo municipio un ramal de la de Matahambre, que forma los valles de las Llamadas.

Yaguajay: Llanura costera bien definida entre la Sierra de Bamburanao y el litoral. La falda septentrional de aquella sierra forma un declive llano hasta la misma orilla, que si bien es baja aprovecha para la cría del ganado, siendo el resto de bastante fertilidad.

Ríos, riachuelos, arroyos y cursos de agua en general:

Bamburanao: Arroyo de la vertiente norte que nace en el Itabo, atraviesa la sierra de su nombre tres veces subterráneamente en el trecho de cinco kilómetros y se derrama en la ciénaga de la costa.

Caguanes: Nombre que se da a dos cursos de agua que desembocan en la costa norte entre la punta de Caguanes y el Estero Real. Estos cursos de agua proceden, con éste y otro nombre, de las lomas de Jatibonico y de la falda de la Sierra de Matahambre. Los otros nombres que se les dan son: Río de los Baños, del Aguacate, Zanja de Caguanes, Ojo de Agua, San Agustín, y varios más.

Jatibonico del Norte: Río de la vertiente norte que nace en las faldas de la Sierra de Jatibanico, en las llamados Regaderas de Palmaritos. Toma dirección este hasta llegar a su núcleo central para reaparecer después de cuatro kilómetros de curso subterráneo, formando a su salida varias cascadas, siguiendo ya casi en línea recta hacia la costa norte, en los límites de las dos provincias vecinas y de sus términos municipales que son por la de Las Villas, Cabaiguán y Yaguajay, y por la de Camagüey Jatibonico y Morón, para desaguar en el mar. Su curso es de unos 95 kilómetros.

Accidentes en la costa: Puntas, puertos, embarcaderos, y otros:

Caguanes: Punta cenagosa en la costa norte, que avanza hacia el cayo del Obispo, resguardando por el este el embarcadero de Yaguajay y al oeste de Estero Real.

Gayarues: Punta en la costa delante del cerro de su nombre.

Real: Estero y embarcadero en la costa. Es de unos cuatro kilómetros de extensión y servía de puerto al barrio de Mayajigua para sus productos de exportación. Se halla resguardado por varios cayos y está como a unos cuatro kilómetros al este de la punta Caguanes.

Yaguajay: Ensenada y surgidero en la costa entre los derrames del Seibabo y la punta de Caguanes. Resguardando por el norte por los cayos de Lucas, de Guamabo y algunas otros. El surgidero es de buena entrada para buques pequeños, formando un magnífico embarcadero.

Accidentes en el mar: Cayos, bajos, arrecifes, canales y otros:

Encenachos: Serie de pequeños cayos situados al este del Cayo Francés. Tienen acceso por la carretera de los cayos o pedraplén (terraplén de piedras); está después de Cayo las Brujas. Tiene arrecife coralino rojo y negro. Las aguas son tan transparentes que se puede ver el fondo a una profundidad de 175 pies, sin usar ninguna ayuda de caretas o botes con fondo de cristal. Tiene manantiales de agua dulce, que brotan y al llegar estas aguas al mar crean el hábitat deseado por especies peculiares como estrellas de mar y otros moluscos. En estos cayos vive una extensa colonia natural de cotorras.

Santa Maria: Cadena de pequeños cayos en la costa. Están al noreste del cayo grande de este nombre. Pertenecen al grupo de Sabana o Sabaneque.

Santa Maria: Cayo bastante extenso. Accesible por la carretera de los cayos o pedraplén.

Agricultura: El Municipio de Yaguajay en 1957 contaba con 1,590 fincas, siendo aprovechado un 20% de sus tierras (19,900 hectáreas) en la agricultura. Las cosechas del término puede sintetizarse en: frutos menores de consumo local y caña de azúcar en abundancia a la que dan beneficio los centrales Narciso, Nela y Victoria.

Ganadería: En 1952 este municipio tenía 31,600 reces.

Turismo: En el barrio de Mayajigua, lejos de todo bullicio metropolitano, se edificó el balneario medicinal de San José del Lago donde la mayor atracción es la tranquilidad y paz de la dulce brisa en medio de un paraíso tropical. Lagos llenos de peces rodeados de palmas y frondosos árboles donde el tiempo no transcurre a no ser por el apacible y bello trino de las aves canoras. Siendo tan refinado el gusto y la belleza natural tan pronunciada el centro clínico llegó a ser un atractivo destino turístico.