El terreno en Sancti Spíritus se divide en tres zonas con características muy diferentes: montañoso en la parte oeste, accidentado o quebrado al noroeste y llano en el resto del territorio. Por lo general, cubren sus zonas montañosas y accidentadas sierras y lomas del gran grupo de Guamuhaya, subgrupo Alturas de Sancti Spíritus. Entre estas elevaciones se destacan la Sierra de Ponciano, Obispo, Helechal, Pico Tuerto y otras. Los ríos que discurren por este municipio son: Zaza, que lo cruza de norte a sur en toda su extensión, Jatibonico del Sur, en los límites con Camagüey, Yayabo, Tuinicú, Cayajano o Cayajaná, Tayabacoa, Sipiabo, Camiabo y una infinidad de arroyos y corrientes de todas clases.

Relieve: Elevaciones, sabanas, valles, y demás:

Aguacate: Sierra en el centro extremo occidental de los grupos Alturas de Trinidad y Alturas de Sancti Spíritus, en que se divide el gran grupo de Guamuhaya.

Banao: Sierra del grupo de Guamuhaya, de la derivación llamada Alturas de Sancti Spíritus, en el suroeste del municipio. Las lomas de Banao son bastante elevadas y escabrosas, descollando entre todas la Pelada, que alcanza los 850 metros de altura. Son las más bellas cimas de esta región. En sus flancos abundan cavernas y en sus montes la abeja silvestre teje sus panales. Tienen en ella sus fuentes algunos ríos.

Cañadas: Lomas o cerros del grupo oriental del Guamuhaya, situadas aproximadamente a unos dos kilómetros al este del Pico Tuerto y siguen en dirección de norte a sur hacia el Pan de Azúcar, casi paralelamente a las lomas del Helechal.

Gavilanes: Sierra del grupo oriental del Guamuhaya, con la que enlazan varios estribos de las sierras de la Gloria, Pedregosa, las lomas del Helechal, el Pico Tuerto y otras. Se hallan concretamente por el barrio de San Francisco en el municipio de Trinidad, en los límites con el de Sancti Spíritus.

Loma de Caja de Agua: Así llamada por su especial configuración. Pertenece al grupo del Guamuhaya, subdivisión denominada Alturas de Sancti Spíritus. Es la más elevada de este subgrupo y se destaca por encima del Pan de Azúcar y del Pico del Tuerto, que son sus inmediatas. Se halla al noroeste del pueblo de Banao y en los límites de los términos municipales de Trinidad y Sancti Spíritus.

Lomas del Caballete de Casa: Situadas hacia las lomas del Infierno y del Helechal, en el barrio de Banao. Forman un estribo de regular altitud. En ellas están las fuentes del Yayabo, Vueltas y otros cursos de agua.

Minas: Sabana en que está asentada la ciudad de Sancti Spíritus.

Negros: Cuchilla situada al norte de la loma y pueblo de su nombre, que enlaza con las lomas del Infierno, del Helechal y otras.

Pan de Azúcar: Cerro que se levanta al sur, hacia el oeste de Sancti Spíritus, de una altura de unos 190 metros. Tiene este nombre, según tradición, de un esclavo que se fugó de una hacienda inmediata y se le halló en esta cima con un pan de azúcar que se había llevado para sustentarse. También se le da los nombres de Cerro del Obispo y Loma Alta.

Pelada: La cima más elevada de la Sierra de Banao, en el barrio de este nombre.

Pico Tuerto: Cerro en forma de pico, aislado de las demás dependencias del nudo de los Gavilanes por profundas cañadas. Su cima es pelada y subterráneamente está atravesada por una corriente siempre abundante. Pertenece al grupo del Guamuhaya, subgrupo Alturas de Sancti Spíritus

Ponciano: Lomas del grupo de Guamuhaya, subgrupo Alturas de Sancti Spíritus. Entroncan al noroeste con la loma del Helechal.

Purial: Cuchilla del Helechal, del grupo del Guamuhaya, subgrupo Alturas de Sancti Spíritus.

Rosa: Lomas elevadas y escabrosas al sureste de la Sierra de Banao, y enlazan por el norte con las del Helechal. Sus alturas alcanzan los 850 metros. Pertenecen al grupo del Guamuhaya y subgrupo Alturas de Sancti Spíritus.

Sierra del Ajizal: Cuchilla del grupo Alturas de Sancti Spíritus, desde cuya altura se divisa al puerto da Casilda.

Ríos, riachuelos, arroyos y cursos de agua en general:

Banao: Río de la vertiente sur, cuyas fuentes radican en la Sierra de Banao y cuyas lomas faldea. Atraviesa el poblado de su nombre, cruza el camino a Trinidad por un puente y desemboca en la costa en las proximidades del municipio de Trinidad, pero dentro del de Sancti Spíritus.

Horqueta de Juvanicú: Arroyo que constituye una de las fuentes del río Juvanicú. Proviene de la loma del Obispo y corre por varias de sus dependencias.

Jatibonico del Sur: Río de la vertiente sur que nace en las llamados Regaderas de Palmaritos, en la Sierra de Jatibanico, al igual que el Jatibonico del Norte. Toma dirección sur desde sus comienzos. Determina los límites de las provincias de Las Villas y Camagüey. En Las Villas al este de los términos municipales de Cabaiguán y Sancti Spíritus. En la de Camagüey al oeste del municipio de Jatibonico. Desemboca en la costa después de un curso de unos 115 kilómetros.

Majayara: Riachuelo que baja de las lomas que se extienden al norte de Banao y afluye en su principal, el río Zaza.

Taguasco: Río afluente del Zaza que nace en las sabanas de Manacas y recibe varias afluentes cuyas aguas todos las envía a su principal.

Tayabacoa: Río de la vertiente meridional. Nace en los montes del Helechal, separa las lomas de Banao de las de la Guisa, por cuyas faldas discurre y sigue al sur, formando algunas cascadas de poca altura. Desemboca en el litoral a unos ocho kilómetros al occidente de Tunas de Zaza, donde forma un pequeño embarcadero.

Tuninicú: Río afluente del Zaza. Nace en la elevada loma llamada Caballete de Caso y vierte sus aguas en su principal, un poco más arriba que el Yayabo. Recoge en su curso aguas de los arroyos Mulato, Macaguabo, Platanito, Sucumi y otros. Es innavegable por la multitud de sus saltos ya cerca de su confluencia, algunos de los cuales alcanzan hasta diez metros de altura.

Yayabo: Río afluente del Zaza, cuyos nacimientos remotos están en la vertiente oriental del Pico del Tuerto, pasa junto a la ciudad de Sancti Spíritus y vierte el caudal de sus aguas en su principal, algo más abajo que el río Tuinicú, también afluente del Zaza.

Zaza: Uno de los ríos más importantes de toda Cuba por su longitud y caudal (considerado como el segundo). Mide su curso más de 150 kilómetros, atravesando y regando los términos municipales de Placetas, Cabaiguán y Sancti Spíritus, éste en toda su longitud de norte a sur. Nace en unos terrenos bajos y anegadizos en antaño llamados la Ciénaguita, en el barrio de Guaracabulla del municipio de Placetas. Desemboca en la costa meridional de la provincia de Las Villas, en el municipio de Sancti Spíritus, junto al puerto de Tunas de Zaza. Recibe multitud de afluencias, entre las cuales se mencionan: Calabazar, Taumucú, Yayabo, Banca, Hacha, Caunao, Jaguasco, Tibisial, Aguacate, Seibacoa, Pelada, Manacas, Aradito, Arado, Lucas, Alazanes, Yaguas, Majayara, Naranjo, Portugueses, Jiquimo, Ceiba, Vueltas, Grande, Palma y otros.

Lagunas, ciénagas y depósitos de agua en general:

Ganado: Lagunas que se forman en la ciénaga de la costa, al suroeste del Jíbar, por los derrames del río Caimiabo y otras corrientes. Algunas de ellas se aprovechaban para salinas.

Accidentes en la costa: Puntas, puertos, embarcaderos, y otros:

Costa de Ciego: Se extiende por el trazo de litoral sur comprendido entre las desembocaduras de los ríos Iguanajo, hacia el oeste, y Tayabacoa, hacia el este.

Pasabanco: Punta en la costa. Forman una playa a la que concurren los vecinos de la región. Está en el sureste del municipio, cerca del límite litoral con el de Jatibonico, en la provincia de Camagüey. Se estima que sea la misma punta a que algunos geógrafos se referían por Pasaganado, que en aquella zona llamaban de Pasaganao (del nombre de una antigua hacienda), y Pasabano.

Playaso: Punta en la costa cerca y al este de la del Retrete.

Punta de Ciego: Punta del mismo nombre que está en el centro, casi a igual distancia de ambas desembocaduras, de la costa por el mismo nombre.

Tunas de Zaza: Ensenada y puerto en la costa. Abre entre la punta Gorda de Afuera y la de Zaza, algo resguardada por el cayo llamado Blanco de Tunas, que tenía faro. La parte occidental de la ensenada se llama Caney, junto a la Punta Gorda abre el estero del Goleta, que fue el que primitivamente se habilitó para puerto allá por el año 1800. En esta ensenada están las lagunas y salinas de las Tunas. El puerto era habilitado.

Accidentes en el mar: Cayos, bajos, arrecifes, canales y otros:

Blanco de Tunas: Cayo en la costa, frente al barrio de Tunas de Zaza.

Agricultura: El Municipio de Sancti Spíritus en 1957 contaba con 4,381 fincas, siendo aprovechado un 11% de sus tierras (32,600 hectáreas) en la agricultura. Producía caña de azúcar, que daba vida a los centrales azucareros Tuinicú, Natividad y La Vega; también se cosechaba tabaco y frutos menores, especialmente maíz.

Ganadería: En 1952 este municipio tenía 20,000 reces.

Minas: Existían en sus terrenos yacimientos de cobre, oro y otros minerales.